亲和层析是一种根据生物分子之间的特异相互作用来分离蛋白的层析方法，如酶和底物、受体和配体、抗体和抗原。这种作用是特异性的也是可逆的，通过这种可逆的结合和分离来达到蛋白纯化的目的。
生物分子与
亲和层析介质上的配体通过共价键、范德华力、疏水力、静电力等作用发生生物学专一性结合形成复合物，共价链接在载体表面的功能团配体上。
蛋白质亲和层析技术通过目标蛋白质与配体间通过特异性亲和力吸附而达到分离纯化的目的，具有生物专一性的特点，纯化效率高。
亲和层析是应用生物高分子与配基可逆结合的原理，将配基通过共价键牢固结合于载体上而制得的层析系统。这种可逆结合的作用主要是靠生物高分子对它的配基的空间结构的识别。
常用的生物亲和关系有酶-底物、底物类似物、抑制剂、激活剂、辅因子，抗体-抗原，激素-受体蛋白、载体蛋白，外源凝集素-多糖、糖蛋白、细胞表面受体，核酸-互补核苷酸序列、组蛋白、核酸结合蛋白等，具有高效、简单、快速的优点，是当前理想的分离纯化蛋白的方法。
亲和填料由三个部分组成的，主要是多孔球形基架，间隔臂及配基，根据配基特异性的不同亲和填料分几种，Ni柱纯化，GST亲和层析介质，麦芽糖结合蛋白和ProteinL亲和层析介质等。
